Tallinnan merellinen museotarjonta keskittyy kahteen paikkaan. Merenkulkumuseo on Vanhassa kaupungissa Paksussa Margaretassa, joka on osa kaupungin muuria. Lentosatamassa on uusin osa. Ovat kävelymatkan päässä toisistaan. Varsinaisesti ei sukellusta ole tarjolla, mutta Paksussa Margaretassa on muutama mielenkiintoinen kohde.
Tallinnan uudessa merimuseossa, vesilentokoneiden hangaarissa ei varsinaista sukellusta ole esillä. Sen sijaan sukellusvene Lembit on mielenkiintoinen tutustumiskohde.